Peguam Negara Dato Abdul Ghani Patail telah memilih Hakim Datuk Mohd Zaki Md Yasin sebagai hakim perbicaraan kes ini yang akan akan diadakan di Mahkamah Tinggi Shah Alam. Oleh itu, perbicaraan telah dipercepat ke tarikh 4 Jun 2007. Kemudian, perbicaraan ditunda ke 18 Jun 2007 kerana pertukaran barisan pendakwa raya.[18][19]

Pada 18 Jun 2007, Karpal Singh menyarankan Hakim Datuk Mohd Zaki Md Yasin menarik diri kerana mungkin disangka berat sebelah. Hal ini kerana beliau merupakan tiga pupu dengan arwah isteri peguam Azilah, Hazman Ahmad yang meninggal dunia tahun 2005. Akan tetapi, Mohd Zaki menyatakan dirinya masih layak.[20]

Pada 19 Jun 2007, Dr Shaariibuu Setev dan kerajaan Mongolia mengemukakan rayuan di Pejabat Pendaftaran Jenayah Mahkamah Tinggi melalui firma guaman Karpal Singh & Co agar hakim lain mendengar kes itu.[21]

Permohonan Karpal Singh agar beliau dibenar memeriksa balas saksi ditolak kerana Karpal bukanlah peguam bela kes ini. Tetapi beliau boleh menyoal saksi melalui mahkamah dan juga boleh mengemukakan soalan melalui pihak pendakwaan.[22][23]

Pendakwa Raya

Pada 4 Oktober 2007 sejurus prosiding bermula, Timbalan Pendakwa Raya Tun Abdul Majid Tun Hamzah memberitahu Hakim Datuk Mohd Zaki Md Yassin di Mahkamah Tinggi Shah Alam bahawa beliau, Manoj Kurup dan Wong Chiang Keat, baru dilantik lewat petang 3 Jun 2007. Penukaran pendakwa raya sepatutnya diberi notis sebulan.

Pendakwa raya sebelum ini ialah Ketua Unit Kes Terkelas daripada Jabatan Peguam Negara Sallehuddin Saidin dan Timbalan Pendakwa Raya Noreen Badaruddin. Mereka telah ditukar oleh Peguam Negara, Abdul Ghani Patail.

Hakim Datuk Mohd Zaki Md Yassin menetapkan tarikh baru,18 Jun 2007 bagi posiding/perbicaraan Altantuya. Sementara itu, Abdul Razak Abdullah Baginda telah dihantar ke Penjara Sungai Buluh, Selangor.

Pada 19 Jun 2007, Tun Majid selaku Ketua Bahagian Guaman yang mengetuai pendakwaan memaklumkan kepada Mahkamah Tinggi Shah Alam bahawa Ketua Unit Jenayah Seksual dan Jenayah Am, Noorin Badaruddin turut menyertai pendakwa raya.